子宫内膜异症虽是良性疾病，但可发生恶变。早在1925年Sampson已指出子宫内膜异位症有时会恶变，并提出子宫内膜异位症恶变的标准。本病恶变率约1%～2.5%，北京协和医院报道（1982～1995）为11.61%。
一、不典型子宫内膜异位症
长期以来子宫内膜异位症相关癌的癌前病变不明确，1998年由La Grenade 和Silverberg首先提出不典型子宫内膜异位（Atypical Endometriosis，AEM）概念，多发生于育龄妇女，大体表现与EMs相近，形态上以子宫内膜样腺体的异型性为特征，一个诊断的描述也见有报道，卵巢内异恶变中可见核异型与癌的直接连续或不连续现象，有非整倍体DNA存在，与周围的内异症及卵巢癌有共同的基因异常，故AEM可能是癌前病变或类似交界性或过渡状态。从典型的内异症—不典型内异症—癌症，这可能是个过程，也是从化生—增生—癌，是个移行程序（郎景和2010），认为AEM是EMs和EMs相关癌的中间阶段EMs病灶，兼有子宫内膜样上皮与间质，细胞核增大深染，伴中、重度细胞异型，核质比增加，上皮细胞拥挤，复层与出芽，无间质侵犯。
AEM来自EMs病变，保留子宫内膜样上皮与间质以及陈旧性出血的同时，伴上皮细胞显著增生和异一型，使之兼有EMs与肿瘤的特征，但两者又有区别：① 子宫内膜样组织多数很薄，很少伴子宫内膜增殖症样形态。② AEM病变的炎性背景不突出，难以用炎症反应解释。③ AEM表现的激素反应不活跃，细胞显著异型及疤痕化使之远离原位内膜的“生理”改变。
AEM镜下表现类似于宫腔子宫内膜的不典型增生过长，是异位内膜恶变的浸润前的改变或早期阶段。
1.腺细胞不典型
发生于内膜异位囊肿的内衬上皮中，细胞单层或复层排列，上皮细胞扁平，细胞核大小和形状明显不一致，核仁明显，偶然可见奇怪形核形态；胞浆致密嗜伊红；几乎所有病例至少局灶内衬上皮下有中性粒细胞浸润；内衬上皮常是不连续的间质暴露处有吞噬含铁血黄素的巨噬细胞和纤维结缔组织反应，上皮被覆下的间质组织中也有陈旧性出血表现；上皮的复层常表现为一种微乳头样的生长；偶尔可见黏液化生，尤其在呈复层上皮的病变中。
2.不典型增生过长
病灶分布呈多样性，在异位囊肿的内衬上皮、内膜样囊肿的囊壁中、或内膜样囊肿中的小实质性病灶，也可在卵巢的表面或卵巢的间质中。异位内膜呈现复杂性增生过长至“早期癌”的形态学表现，腺体增生呈现背靠背现象，腺体外形不规则伴有乳头状结构和筛孔状结构形成，腺细胞显著核异型。
二、子宫内膜异位症恶变
（一）来自卵巢的子宫内膜异位症恶变
1.子宫内膜异位症恶变的病理诊断 不同病理学家在掌握标准上不尽相同，使恶变发生率的统计差异较大。1925年Sampson提出的卵巢子宫内膜异位症恶变的诊断标准至今仍被公认：① 在卵巢上见到良性子宫内膜异位症；② 发生的癌必须是腺癌；③ 必须见到由良性过渡到恶性的移行区。
林崧提出病理诊断卵巢子宫内膜异位症继发的内膜样癌应具备以下特点：① 标本中同时存在良性内膜和恶性组织，其改变应与宫体内膜继发恶性的组织相似。② 真正观察到癌是从良性移行所形成，而不是由其它癌侵犯而引起的组织相。③ 癌性腺体周围应具有典型的子宫内膜间质。
2.病理变化
（1）巨检 典型者在卵巢子宫内膜囊肿的内壁出现乳头状或息肉状赘生物，或出现实质区域，切面灰白，质脆。实性区较大时，应考虑卵巢子宫内膜样癌来自子宫内膜异位恶变。
（2）镜检 镜下组织类型与子宫内膜中的同类癌相同，但一般分化较好。多为子宫内膜样腺癌、腺角化癌及透明细胞型腺癌，少数为腺鳞癌及腺肉瘤。
（二）来自卵巢外的子宫内膜异位症恶变
根据文献报道，约1/4内膜异位症恶变发生于卵巢以外部位，多为子宫内膜异位的好发部位，如直肠阴道隔、阴道、输卵管、膀胱、外阴、子宫、宫颈、大肠、小肠、脐部、大网膜、淋巴结等。肿瘤多为内膜样腺癌、腺角化癌、透明细胞型腺癌及鳞癌等。非上皮性肿瘤多为内膜间质肉瘤，癌肉瘤等。这些有恶变的患者中，病史似与雌激素的影响有关。对患内膜异位症的患者要慎重应用雌激素。
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